为指导人感染H7N9禽流感病例病情判断、临床治疗及病人出院等工作，袁正宏领衔的研究团队承担了检测收治患者标本中H7N9病毒“核酸”载量的重要任务。在上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心应急病房医护人员的配合、支持下，该团队收集了病人在治疗过程中多个时间点的咽拭子、血液、尿液和粪便标本，使用先进的、自行设计的荧光定量RT-PCR方法对上述标本中的H7N9流感病毒“核酸”载量进行了定量检测，并对其中14例患者进行了病毒载量与病情严重程度的相关性分析。结果发现，病症相对较轻的患者在达菲治疗中，咽拭子的病毒载量显著下降并较快转阴；而重症患者，特别是在后期需要依靠人工肺治疗的患者，其咽拭子的病毒核酸载量在达菲治疗过程中呈持续阳性、甚至载量进一步升高的罕见现象，并有个别患者在达菲抗病毒治疗19天后仍在其咽拭子标本中检测到了H7N9病毒的重要组成部分“核酸”。

　　为解释上述不寻常现象，课题负责人袁正宏研究员率领应急实验室主任胡芸文博士与王蔚、宋志刚等骨干对H7N9禽流感病毒的两个最重要蛋白HA和NA，即患者标本中的这两个病毒基因序列进行扩增研究和多态性分析， 结果发现两例重症病例在抗病毒治疗过程中其体内H7N9毒株的神经氨酸酶(NA)“292位氨基酸”从R(精氨酸)突变为K(赖氨酸)。也就是说，在治疗早期，292位是R，而治疗后期这一位点却呈现为K。

　　更重要的是，该实验室运用先进的“Q-PCR单核酸多态性分析法”，结果有了更为重大的发现：病人标本中“292R毒株”竟然出现了逐渐被“292K毒株”取代的过程。该结果提示：这一突变毒株的出现可能与达菲治疗效果不佳有关。

　　袁正宏团队联想到“NA R292K”的突变曾出现在季节性H3N2流感病毒上，以后研究证明该病毒对达菲耐药，更为巧合的是，该团队在上海地区最早出现的H7N9病毒中也发现存在这一突变，但当时一直不清楚其临床意义。本研究的重大意义在于首次将“NA 292位”氨基酸的“R/K突变”与临床达菲疗效不佳和不良预后联系起来，并表明耐药的基因突变可以在临床抗病毒治疗过程中被诱导产生，即病毒在药物“压力”下，会促使患者体内病毒产生变异突变，从而导致H7N9禽流感病毒已呈现耐药性。香港大学微生物学家裴伟士教授的科研团队参与了耐药基因的发现和确认工作。

　　上海市H7N9禽流感防治专家组组长、微生物学专家闻玉梅院士认为，该研究结果说明，达菲治疗依然对绝大部分患者有效，一旦确诊应尽早治疗；同时提示在达菲治疗前和治疗过程中必须要对病毒载量和耐药“基因位点”进行密切监测，及时调整治疗方案，以提高救治成功率；此外，加快新药研发显得尤为重要。